科研项目管理系统的需求分析是一个复杂的过程，旨在理解用户需求并与软件功能达成一致。用户在这个过程中处于主导地位，需求分析工程师和项目经理负责整理用户需求。科研项目需求分析包括需求的获取、分析、规格说明、变更、验证和管理。需求分析的重要性在于决策性、方向性和策略性的作用，它在软件开发过程中具有举足轻重的地位。
需求分析的任务是解决“做什么”的问题，即全面理解用户的各项要求并准确表达用户需求。
需求分析的过程包括问题识别、分析与综合、制订规格说明和评审。问题识别阶段是从科研项目管理系统角度理解软件，确定对所开发系统的综合要求，并提出需求的实现条件和达到的标准。分析与综合阶段是逐步细化软件功能，分析系统各元素间的联系、接口特性和设计限制，并综合成系统的解决方案。制订规格说明书即编制文档，描述需求的文档称为软件需求规格说明书。评审阶段对功能的正确性、完整性和清晰性进行评价，评审通过后才能进行下一阶段的工作。
需求分析的方法有很多，其中原型化方法是重要的方法之一。原型化方法是尽可能快地建造一个粗糙的系统，实现目标系统的某些或全部功能。此外还有结构化方法、动态分析法等其他方法。
在科研项目管理系统的需求分析中，用户的需求是主导的，需求分析工程师和项目经理负责整理用户需求，为软件设计打下基础。需求分析的重要性在于决策性、方向性和策略性的作用，要对需求分析充分重视。需求分析的过程包括问题识别、分析与综合、制订规格说明和评审。原型化方法是一种重要的需求分析方法，通过建造一个早期可运行的系统来实现目标系统的功能。