目前国内的施工企业在新经济时代中如何管理工程项目成为了一个需要思考的问题。要在竞争中立于不败之地，管理者需要具备自己的优势特点和较高的管理水平。因此，了解工程项目管理的难点是非常重要的。
项目管理是一项系统工程，对于控制施工工期、质量、成本和安全至关重要。它涉及到所有者与投资者、所有者与上级主管部门、项目参与者和参与者与外部各方之间的组织和协调风险。每个参与者的工作能力、效率、责任感、道德品质和合作精神都会对项目产生影响。
风险管理是项目管理的一个重要方面。工程风险是指工程项目在决策、设计、施工、试生产和移交作业等阶段可能面临的风险。随着项目规模和复杂性的增加，以及施工环境、条件和恶劣天气等因素的影响，工程风险管理变得更加困难。风险管理的目的是避免或减少风险事故的发生，减少风险损失，以确保项目目标的实现。因此，建设项目的风险控制是项目管理的难点。
由于项目外部环境的变化、项目的技术复杂性以及投资规模和建设周期的增加，项目运营过程中的不确定性增加了风险的存在。风险可能对项目的质量、进度、成本和安全性造成潜在的损失。风险是由于可能发生的事件导致的实际结果与主观期望之间的差异，这种结果可能伴随着某种损失。风险具有不确定性，这体现在风险事件发生的时间和后果以及风险事件本身发生的机会上。
成本管理在项目建设过程中非常重要。对于承包商来说，项目的特点是建设周期长、投资额大、工作和过程多种多样。这些因素限制了承包商未来获得的利润。为了提高利润，成本管理是关键。
索赔是增加项目管理经济效益的最佳方法之一。对于项目经理来说，要想更好地生存、竞争和发展，就需要掌握双赢索赔。索赔应该在招标时进行准备，合同谈判应为未来的索赔奠定基础。在施工过程中，要解决签证的一部分，维护自身权益。对建设方来说，要防止甲方提出反诉，提高施工方的工程管理水平，确保工程质量和进度。同时，在项目合同管理中，应始终具备索赔的概念。与甲方进行谈判时，要注重公共关系，达到索偿的目的。
所以，项目管理系统管理的难点和重点主要在于风险管理。分析和控制项目建设过程中的风险问题具有重要意义。由于大多数风险都是异常且不可预测的，传统方法无法有效控制许多风险，承包商缺乏有效的风险管理系统。因此，建立有效的承包商风险管理体系非常重要，企业应设立风险管理部门，并采用阶段管理和制度规划，在建设过程中进行监督控制和决策。