项目管理系统要实现跨越“信息孤岛”的阶段，就需要从项目管理信息系统发展成为更强调支持企业战略决策的信息决策支持系统网络技术的发展，在很大程度上拓展和提升了信息系统的功能和作用，基于单机版或者孤岛信息的管理方式完全被打破，通过网络，项目管理信息系统被各种媒介链接在一起，实现了信息的共享，传输，存储，加工，维护等现象。在更大程度上满足了企业项目管理信息化建设的要求，当然，这种综合而庞大的管理思路，其基础来源于企业项目管理本身的特点，如果一个企业项目管理的信息或者数据不足以达到这样的要求，其仍然可以按照上述三个阶段中的某一个作为其管理需求。
根据实际需求，设计系统业务流程图。在软件开发前期，对业务流程及其相关作业指导规范进行了完善和改进。总体上是从项目启动流程开始，经过项目申请、项目审批、项目执行到项目验收流程为止。
1、项目初审阶段的业务流程分析
用户注册---用户提交《项目申请表》
·用户注册：
项目申请单位通过“用户登录界面”注册，经过系统管理员审批，确定为新用户后，项目申请单位可以进行项目申报。
·用户提交申请：
项目申请单位填写《项目申请表》，登记项目信息，填写完成后，选择项目所属类型和希望提交的部门，不清楚具体提交部门的，直接提交到计划处，系统根据《项目申请表》的信息生成项目档案。
·各处室初审：
各处处长接收项目申请单位材料后，进行初审(审核)。如果未通过审核，则退回给项目申请单位进行重新申报或中止申报;如果通过审核，则进入到专家论证环节。计划处汇总所有通过初审的《项目申请表》，提交专家评审。
2、项目论证审批阶段的业务流程分析
用户注册---用户提交申请一项目评审一审批立项
·提交专家论证资料：
通过初审的项目，项目承担单位提交《项目建议书》;
·参加专家论证会评审项目：
计划处组织专家论证会，并通知各处项目管理员，各处项目管理员及时收到信息，通知本处处长参加论证会;
·形成《论证意见》：
计划处项目管理员录入专家对各项目的评分和意见，整理形成《论证意见》;各处处长、项目管理员可以查询项目的评审信息。
·审批项目：
计划处会同各处室领导，参加局级领导审批项目会议。根据《项目申请表》、《项目建议书》、《论证意见》，审批项目。
·下达项目计划：
计划处将通过审批的《立项通知书》等项目信息、档案，分发给各相关业务处室;各处室联系项目申请单位领取《项目立项通知书》。
3、项目任务书阶段的业务流程分析
用户注册--用户提交申请一项目评审一审批立项一确定《项目任务书》
·项目承担单位根据已经提交的《项目建议书》，填写《项目任务书》，《项目任务书》内含执行计划和拨款计划等内容，填好后提交《项目任务书》;
·主管处室处长审核《项目任务书》，查看并对《项目任务书》相关内容进行修改，完成审核后提交局长审批;
·局长对《项目任务书》进行审批。